No entanto, o crescimento de atividades oposicionistas durante a segunda metade de 1967 e ao longo de 1968, mediante o avivamento do protesto estudantil e sindical e das classes médias intelectualizadas, além de insubordinação de parlamentares da base do governo, motivou as forças armadas à gestação de uma nova fase de endurecimento do regime, traduzida pela decretação de um novo Ato Institucional, em dezembro de 1968.
Como o novo ato institucional era o quinto da série, restou conhecido como AI-5. O AI-5 suspendeu o habeas-corpus e conferiu amplo poder ao presidente para intervir nos estados e municípios, cassar mandatos, suspender direitos políticos por dez anos, decretar o estado de sítio sem anuência do Congresso, promulgar decretos-leis e atos complementares. Pelo Ato Complementar nº 38, foi decretado também o recesso do Congresso por tempo indeterminado.
No dia 26 de agosto de 1969, Costa e Silva anunciou à imprensa a conclusão da reforma constitucional elaborada pelo seu governo. O congresso deveria ser reaberto para votar o texto.
No dizer do jornalista Élio Gaspari, além de expandir os poderes do Executivo, o texto incorporava as medidas que o poder militar inserira ao Direito brasileiro nos últimos 10 meses.
No final daquele mês, porém. Costa e Silva foi vitimado por um episódio de trombose, ficando incapacitado ao exercício do cargo. Alijando o vice-presidente Pedro Aleixo do processo sucessório previsto na legislação vigente, uma Junta Militar, composta pelos ministros do Exército, da Marinha e da Aeronáutica, assumiu o governo em caráter temporário, invocando a vigência do AI-5 e alegando a necessidade de dar continuidade às políticas do general Costa e Silva.
Mediante laudos médicos de que o quadro era irreversível, abriu-se o debate, no Alto Comando Militar, sobre a sucessão presidencial. Determinando que o nome escolhido iniciaria um novo mandato, em vez de concluir os 17 meses que faltavam a Costa e Silva, o Alto Comando Militar definiu-se pelo nome do general Emílio Garrastazu Médici.
Em 25 de outubro de 1969, o Congresso Nacional, que era mantido fechado desde a decretação do Ato Institucional n. 5, reuniu-se para homologar o nome ungido pelo Alto Comando Militar. A chapa única apresentada era composta pelo general Emílio Garrastazu Médici como presidente e o Almirante Augusto Rademaker como vice. A chapa obteve 293 votos, havendo 75 abstenções. O novo presidente tomou posse no dia 30 de outubro de 1969.
A Junta Militar despediu-se outorgando uma nova Constituição, conhecida pelo nome de Emenda 1, que sobreviveu até 1988.