Foram mantidas as eleições a governador em 11 estados em 1965, mas os resultados desfavoráveis em Minas Gerais e na Guanabara, onde foram eleitos governadores não alinhados, levaram a nova impasse. O resultado foi a edição do segundo Ato Institucional, em 27 de outubro de 1965.
Entre outras medidas, o AI-2 estabeleceu a eleição indireta para a presidência da República, a dissolução de todos os partidos políticos então existentes e a abertura de nova fase do processo de punições dos adversários do regime.
Extintos os antigos partidos, o Ato Complementar n. 4, definiu as regras que deveriam ser seguidas na reorganização partidária. Tantas eram as limitações das novas regras que o novo sistema só comportava duas agremiações: de um lado, o partido governista Aliança Renovadora Nacional (Arena) e, de outro, o Movimento Democrático Brasileiro (MDB).
Logo depois, em 5 de fevereiro de 1966, houve a edição do Ato Institucional nº 3, estabelecendo eleições indiretas para governador e fixando o calendário eleitoral. Nesse diapasão, os prefeitos dos municípios das capitais passariam a ser nomeados pelos governadores estaduais.
Dentro das novas regras, no dia 3 de outubro de 1966, o Congresso se reuniu para eleger o novo presidente. Apresentou-se apenas uma chapa, encabeçada pelo General Artur da Costa e Silva, ministro da Guerra do governo Castelo Branco, cujo vice era o deputado mineiro Pedro Aleixo, egresso da UDN. Durante os três meses anteriores, Costa e Silva comportou-se como se estivesse em campanha com vistas à eleição direta. Acompanhado pela esposa, percorreu municípios, presidiu inaugurações e participou de eventos. No escrutínio, a chapa obteve 255 votos dos 409 deputados e 40 dos 66 senadores. Esses votos vieram dos parlamentares da Arena, a legenda pró-governo. O MDB, legenda da oposição, absteve-se de votar e se retirou do plenário em sinal de protesto.
Antes de transmitir o cargo, o presidente Castelo Branco patrocinou uma reforma da Constituição, visando à institucionalização do novo regime. Em outras palavras, o objetivo era incorporar todos os elementos permanentes dos atos institucionais e complementares, bem como os diversos decretos e leis promulgados a partir de abril de 1964. Como o congresso nacional, mesmo tutelado, reagiu ao anteprojeto apresentado pela presidência da República, a reforma foi conduzida mediante os termos impostos por um quarto Ato Institucional. O AI-4 convocou o Congresso em sessão extraordinária de 12 de dezembro de 1966 a 24 de janeiro de 1967 para discutir, votar e promulgar a nova Carta sob o regime de trabalho acelerado. Em 24 de janeiro de 1967, sem que fosse considerada a maior parte das emendas propostas pelo Congresso, foi promulgada a nova Constituição.
Em 15 de março de 1967, entrava em vigor a nova Constituição e o general Arthur da Costa e Silva, finalmente, assumiu a presidência da República.
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